Лаборатория кристаллографии макромолекул
Данные заметки содержат обзор работ, выполненных в ЛКМ ИМПБ
РАН. Информация об исследованиях других авторов по данной тематике может быть
найдена в указанных ниже оригинальных статьях.
Определение структуры биологических макромолекул.
(1980-2002)
Основная деятельность Лаборатории Кристаллографии Макромолекул РАН связана с
математическими и вычислительными проблемами рентгеноструктурного исследования
биологических макромолекул. Указанные ниже работы по определению структуры
конкретных структур выполнялись в сотрудничестве с другими лабораториями,
ведущими исследования этих объектов. Как правило, ЛКМ принимала участие в этих
работах на этапах, где требовалось применение нестандартных подходов к решению
возникающих проблем, не поддерживаемых стандартными кристаллографическими
программами или методами. В разные годы ЛКМ вела работы в сотрудничестве с
лабораториями, представляющими:
- Институт Белка РАН, Пущино; [1-2, 4, 7, 9, 10]
- Институт Биофизики РАН, Пущино; [5, 6]
- Институт Кристаллографии РАН, Москва; [12, 18, 20-22]
- Институт Биоорганической Химии РАН, Москва; [3]
- Институт Молекулярной Генетики РАН, Москва. [8]
- Институт Генетики и Молекулярной и клеточной биологии, Страсбург, Франция
(Institut de Genetique et de Biologie Moleclaire et Cellulaire, Strasbourg, France); [13-17, 19];
- Университет им.А.Пуанкаре Нанси I, Франция (Univrsité
Henri Poincaré, Nancy I, Nancy, France); [23]
- Медицинский Университет Фрайбург, Германия (Medezinische Universitätsklinik Freiburg;
Freiburg, Germany); [23].
Тематика исследований видна из названий статей, приведенных ниже.
24 марта 2003 В.Ю.Лунин
Публикации
Полные тексты публикаций
- Чиргадзе Ю.Н., Сергеев Ю.В., Фоменкова Н.П., Никонов С.В., Лунин В.Ю.
(1980). "Определение структуры γ-кристаллина II из глазной линзы теленка с
разрешением 5Å". Доклады АН СССР, 250, в.3, 762-765.
- Chirgadze, Yu.N., Oreshin, V.D., Sergeev, Yu.V., Nikonov, S.V. & Lunin,
V.Yu. (1980). "Structure of gamma-crystallin IIIb from calf lens at 5Å
resolution". FEBS Letters, 118, 2, 296-298.
- Кузин А.П., Уржумцев А.Г. (1983). "Уточнение кристаллической структуры
актиноксантина при разрешении 1,8Å МНК в обратном пространстве". VI
Всесоюзный симпозиум по химии белков и пептидов, Рига, ноябрь 1983, Тезисы
докладов, 186.
- Уржумцев А.Г., Лунин В.Ю. (1982). "Повышение разрешения карт электронной
плотности белков путем уточнения модельной структуры. Улучшение набора фаз для
γ-кристаллина IIIb". Препринт, НЦБИ АН СССР, Пущино.
- Вазина А.А., Корыстова А.Ф., Шелестов В.М., Вернослов С.Е., Лунин В.Ю.,
Козлов М.А., Крайзман В.Л. (1984). "Исследование Ca2+-связывающих
центров парвальбумина по дальней тонкой структуре рентгеновских спектров
поглощения". Молекулярная биология, 18, в. 3, 681-684.
- Вазина А.А., Корыстова А.Ф., Шелестов В.М., Вернослов С.Е., Лунин В.Ю.,
Козлов М.А., Крайзман В.Л. (1985). "Исследование структуры металлсвязывающих
центров кальмодулина методом EXAFS-спектроскопии". Молекулярная биология, 19,
в.6, 1643-1647.
- Чиргадзе Ю.Н., Невская Н.А., Фоменкова Н.П., Никонов С.В., Сергеев Ю.В.,
Бражников Е.В., Гарбер М.Б., Лунин В.Ю., Уржумцев А.Г., Вернослова Е.А. (1986).
"Пространственная структура гамма-кристаллина IIIb из хрусталика глаза теленка
при разрешении 2,5Å". Доклады АН СССР, 290, 2, 492-495.
- Лобсанов Ю.Д., Плетнев В.З., Втюрин Н.Н., Лубнин М.Ю., Мокульский М.А.,
Уржумцев А.Г., Лунин В.Ю., Лузянина Т.Б. (1990). "Рентгеноструктурные
исследования комплекса лектина из гороха с углеводом при разрешении 2,4Å
I. Атомная модель". Биоорганическая химия, 16, 12, 1589-1598.
- Чиргадзе Ю.Н., Бражников Е.В., Никонов С.В., Фоменкова Н.П., Гарбер М.Б.,
Уржумцев А.Г., Лунин В.Ю., Чиргадзе Ю.Н., Некрасов Ю.В. (1991). "Кристаллическая
структура рибосомного фактора G из бактерий Thermus Thermophilus при низком
разрешении". Доклады АН СССР, 320, в.2, 488-491.
- Chirgadze, Yu.N., Nevskaya, N.A., Vernoslova, E.A., Nikonov, S.V., Sergeev,
Yu.V., Brazhnikov, E.V., Fomenkova, N.P., Lunin, V.Yu. & Urzhumtsev, A.G.
(1991). "Crystal structure of calf eye lens gamma-crystallin IIIb at 2.5Å
resolution: its relation to function". Experimental Eye Research, 53, 295-304.
- Urzhumtsev, A.G. (1992). "On the reliability of atomic models in the PDB:
stereochemical point of view". Joint CCP4 and ESF-EACBM Newsletter on Protein
Crystallograph, 27, 31-32.
- Моргунова Е.Ю., Михайлов А.М., Уржумцев А.Г., Вайнштейн Б.К. (1992).
"Строение капсида CMtV при разрешении 6Å в кристаллическом состоянии".
Кристаллография, 37, 2, 396-404.
- Tete-Favier, F., Barth, P., Mitchler, A., Podjarny, A.D., Rondeau, J.-M.,
Urzhumtsev, A., Biellmann, J.-F. & Moras, D. (1995). "Aldose Reductase from Pig
Lens". European Journal of Medicinal Chemistry, 30, S, 589-603.
- Urzhumtsev, A.G. & Podjarny, A.D. (1995). "On the problem of solvent
modeling in macromolecular crystals using diffraction data: 1.The low-resolution
range". Joint CCP4 and ESF-EACBM Newsletter on Protein Crystallography, 31,
12-16.
- Volkmann, N., Schlunzen, F., Urzhumtsev, A.G., Vernoslova, E.A., Podjarny,
A.D., Roth, M., Pebay-Peyroula , E., Berkovitch-Yellin, Z., Zaytzev-Bashan, A. &
Yonath, A. (1995). "On ab-initio phasing of ribosomal particles at very low
resolution". Joint CCP4 and ESF-EACBM Newsletter on Protein Crystallography, 31,
23-32.
- Urzhumtsev, A.G., Vernoslova, E.A. & Podjarny, A.D. (1996). "Approaches to
Very Low Resolution Phasing of the Ribosome 50S particle from Thermus
thermophilus by the Few-Atoms-Models and Molecular-Replacement Methods". Acta
Crys., D52,1092-1097.
- Urzhumtsev, A., Tete-Favier, F., Mitschler, A., Barbanton, J., Barth, P.,
Urzhumtseva, L., Biellmann, J-F., Podjarny, A.D. & Moras, D. (1997). "A
'specificity' pocket inferred from the crystal structures of the complexes of
aldose reductase with the pharmaceutically important inhibitors tolrestat and
sorbinil ". Structure, 5, 601-612.
- Lunin, V.Yu., Levdikov, V.M., Shliapnikov, S.V., Blagova, E.V., Lunin,
V.V., Wilson, K.S. & Mikhailov, A.M. (1997). "Three-dimensional structure of
Serratia marcescens nuclease at 1.7Å resolution and mechanism of its
action". FEBS Letters, 412, 217-222.
- Podjarny, A.D., Howard, E.I., Urzhumtsev, A.G. & Grigera, J.R. (1997). "A
Multicopy Modeling of the Water Distribution in Macromolecular Crystals".
Proteins, 28, 303-312.
- Лунин В.Ю., Благова Е.В., Левдиков В.М., Лунин В.В., Шляпников С.В.,
Пербандт М., Райшанкар К.С., Бетзель Х., Михайлов А.М. (1999). "Внеклеточная
эндонуклеаза Serratia marcescens. I. Пространственная структура белка в
кристаллическом состоянии при разрешении 1.7Å". Молекулярная биология, 33,
2,214-222.
- Шляпников С.В., Благова Е.В., Левдиков В.М., Лунин В.Ю., Лунин В.В.,
Михайлов А.М., Бетзель Х., Райшанкар К.С., Пербандт М., (1999). "Внеклеточная
эндонуклеаза Serratia marcescens. II. Аминокислотные остатки активного центра и
гипотетический механизм функционирования фермента". Молекулярная биология, 33,
454-461.
- Shlyapnikov, S.V., Lunin, V.V., Perbandt, M., Polyakov, K.M., Lunin, V.Yu.,
Levdikov, V.M., Betzel, Ch.& Mikhailov, A.M.. (2000). "Atomic structure of the
Serratia marcescens endonuclease at 1.1Å resolution and the enzyme
reaction mechanism." Acta Cryst. D56, 567-572.
- Lunin, V.Y., Lunina, N.L., Ritter, S., Frey, I., Berg, A., Diderichs, K.,
Podjarny, A.D., Urzhumtsev, A. & Baumstark M.W. (2001). "Low-resolution data
analysis for low-density lipoprotein particle". Acta Cryst., D57, 108-121.
|