Вычислительный кластер
В 2000 году на базе Института Математических Проблем Биологии РАН был создан вычислительный кластер. Первоначальная конфигурация кластера включала в себя 17 однопроцессорных узлов на базе Intel Pentium III 800 МГц, для связи которых использовался Fast Ethernet через 24-портовый коммутатор D-Link.Один из узлов использовался в качестве сервера для связи с внешним миром и управления заданиями пользователей. Программное обеспечение строилось на базе свободно распространяемой OS Linux (GNU/Debian).
Недостаточная пропускная способность и скорость сети Fast Ethernet сильно ограничивали класс решаемых задач современной компьютерной биологии и биоинформатики.
Необходимость модернизации также оправдывалась окончательной разработкой стандарта Gigabit Ethernet и значительным снижением цен на соответствующее этому стандарту оборудование.
Модернизация кластера началась в 2002 году. Первый этап модернизации проводился в двух направлениях.
- Увеличение вычислительной мощности достигнуто за счет увеличения количества вычислительных узлов. Всего было добавлено 8 двухпроцессорных узлов на базе процессора Athlon 1200 MP.
- Произведен частичный перевод внутренней сети кластера на Gigabit Ethernet. Все новые узлы были связаны между собой
через 12-портовый коммутатор производства 3Com.
Результаты проведенного тестирования показали резкое увеличение производительности кластера. Вместе с тем было необходимо продолжить модернизацию по причине увеличения числа отказов старого оборудования.
В 2003 году в кластер были добавлены еще два двухпроцессорных узла на базе Athlon2000 MP. Это позволило увеличить производительность вычислительного кластера до 21 ГФлопс (по данным теста High Performance Computing Linpack).
В 2004 году первый этап модернизации полностью закончен. В настоящее время все однопроцессорные узлы кластера заменены на двухпроцессорные. Также полностью завершен перевод узлов на Gigabit Ethernet. Таким образом, на начало текущего года конфигурация вычислительного кластера ПНЦ выглядит следующим образом.
Три сервера на базе Intel P4 HT служат точкой доступа к кластеру, хранилищем данных и сервером управления вычислительными ресурсами. Емкость хранилища составляет 200G.
24 процессора различной мощности (от 1.2ГГц и выше) составляют вычислительную базу кластера. Однопроцессорный сервер Intel PIII занимается мониторингом ресурсов и сбором статистики использования ресурсов.
Общий объем оперативной памяти вычислительных узлов составил 12G.
Все узлы связаны посредством 24-портового коммутатора Gigabit Ethernet производства D-Link.
В процессе модернизации произведен переход на другую операционную систему. Сейчас кластер работает под управлением Scientific Linux 3 (SL3).
Поддержка кластера осуществляется Межинститутским отделом вычислительных и информационных ресурсов
|
